İlçede yapılan araştırmalarda en az 500 adet neolotik çağdan kalma mağaraların olduğu belirtilmektedir.Ahlat’taki doğal alanlardan olan ve mağara turizmi açısından önem taşıyan mağara kümeleri genellikle Harabeşehir ve Madavans deresi mevkiindedirler. Bu mağaralar eski çağlardan beri değişik amaçlarla kullanılmış ve günümüze kadar ulaşabilmişlerdir. Ahlat, Doğu Anadolu Bölgesi’nde ilk yerleşilen alanlardan birisi olduğu için bu mağaralar Neolitik Çağ’dan beri kullanılmıştır. Bölgede meydana gelen şiddetli depremler, kuraklık nedeniyle sulak vadilere yerleşme ihtiyacı, harp ve istilalar sonucu yerleşmelerin tahrip edilmesi, sert iklim koşulları gibi nedenler mağara yerleşmelerinin ortaya çıkmasında etkili olmuştur. Bugün Harabeşehir Mahallerinde bir çok mağara bulunmaktadır.
Ancak Eski Ahlat Kalesi’nin batı yönünden tahrip edilmesi ve yıkılması sonucu onlarca mağara yok olmuştur. Bu mağaralar kalenin mamur olduğu dönemlerde askeri mühimmat depoları ve soğuk hava depoları olarak kullanılmışlardır. İbrahim Kafesoğlu bu mağaralardan bazılarına kutsallık atfedildiğini ve içerilerinde ibadet yapıldığını yazıyorsa da bu durum mağaralara kutsallık atfedilmesinden değil bazı mağaraların ibadet mekanı olarak kullanılmasından kaynaklanmaktadır. Yapay mağaralar tek ve iki katlı oyuldukları gibi, bazıları ise galeri tarzında oluşturulmuş olup bu galerilerin nerelere kadar uzandığı henüz araştırılmamıştır. Mağaraların bazıları yanyana veya arka arkaya sıralanmış iki-üç odadan oluşmaktadır.